ところでXのキー配列がおかしいんだが

Linux

まず日本語ドキュメント（2008年更新）

Xが各国語のキーボードを使うよう設定するために、キーボードの設定を行うInputDeviceセクションを検索し、あなたが望むキーボードレイアウトを示すXkbLayoutオプションを追加してください。

http://www.gentoo.org/doc/ja/xorg-config.xml

evdevに移行してしまったのでこれは通じない様子。
英語ドキュメント（2010年更新）

To setup X to use an international keyboard, you can copy the content of /usr/share/doc/hal-*/*/use-estonian-layout.fdi.bz2 to /etc/hal/fdi/policy/10-xinput-configuration.fdi:

http://www.gentoo.org/doc/en/xorg-config.xml

こちらはちゃんとevdevの話。が、やっぱり日本語配列にならない。
そしてGoogle先生と探した結果がこちら。

$ setxkbmap -rules evdev -model jp106 -layout jp

を実行すれば直るが、 X の起動時にこの設定に持っていけない

http://sinensis.plala.jp/mm/4e58933d3dd6ddf8c096cdba96b3f2934f859b64/

.xinitrcでsetxkbmap呼び出す、なんて方法もあったけどどうもしっくりこないのでこれにした。

Section "InputClass"
Identifier "Keyboard Defaults"
MatchIsKeyboard "yes"
Option "XkbLayout" "jp"
EndSection
http://gentoo-linux-memo.blogspot.com/2010/12/xf86-video-intel-2130.html

デフォルトを変えるだけだから十分まっとうな方法だよね。
#そんなことよりこれバグじゃ(ry